持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。

　　早阪紫（山田优 配音）是一个普通的高中生，以考上理想大学为终极目标的她每日都奔波在学校和补习班之间。一次偶然中，紫结识了个性超级糟糕，狂妄自大又目中无人的矢泽艺术学院服装设计系学生小泉让二（滨田贤二 配音），“来成为我的模特吧”，让二说出了让紫目瞪口呆的话来。　　通过让二，紫认识了一群有趣的朋友们。个性单纯天真的幸田实和子（松本真理香 配音）；表面上看起来桀骜不驯，但实际上非常专一可靠的吉他手永濑岚（水谷俊介 配音）以及男儿身少女心的伊莎贝拉（山本大助 配音），在和这些朋友们相处的过程中，紫渐渐的找到了自己人生的目标，同时，她和让二之间，也萌生出了缠绵的感情。

从鬼的尸体中诞生的少年，手持名为“鬼切丸”的日本刀。渴望成为人类的少年深信斩尽所有魔鬼后自己就会变成真正的人类，但由人类的悲、憎、怨等负面感情衍生的魔鬼岂能斩尽杀绝？追踪着世间漂浮的鬼气，少年继续着与魔无止境的战斗。