故事发生在架空校园的一个活动室之中，放课后的学生们聚集在一起，就一些虽然平常但又的确引起了困扰的问题展开激烈的讨论。自大的学生会长高千穗千珐（川庄美雪 配音），黄毛不良少年宏哥（阿座上洋平 配音），外形是小兔的理科男兔子（照井春佳 配音），出生于医学世家的黑田君（荒井聡太 配音）等，这些长相和性格各异的同学们能够在学级活动的讨论中达成统一的意见吗？　　虽然每集动画只有短短的5分钟，但例如“为什么在学校里不能用那个？”、“为什么老妈总在讨厌的时间里进入房间？”、“如何称呼自己的母亲？”等类似的问题，却在讨论的过程中变得越来越严肃。而作为观众，也会在不知不觉中对于这些其实非常无聊的问题变得在意起来。

　　大友克洋の短編コミック「SOS大東京探検隊」に大胆なアレンジを加え、続編として映画化した3Dアニメ。父親が小学生の頃に書いたノートを発見した少年が、そこに記されていた秘密の宝物を探そうと仲間たちと探検隊を結成。マンホールから地下に下りて大冒険を繰り広げる。監督の高木真司をはじめ、大友監督作「スチームボーイ」のスタッフが再び集結。伝統的なセルアニメの手法を取り入れ、従来の3Dアニメをさらに進化させた。

　　乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..

【STAFF】原作：Keyビジュアルアーツ监督：石原立也系列构成・脚本：志茂文彦人物原案：樋上いたる人物设定・总作画监督：池田和美动画制作：京都アニメーション【CAST】冈崎朋也：中村悠一古河　渚：中原麻衣藤林　杏：広橋　涼藤林　椋：神田朱未坂上智代：桑島法子伊吹风子：野中　藍一之濑琴美：能登麻美子春原阳平：阪口大助古河秋生：置鮎龍太郎古河早苗：井上喜久子相乐美佐枝：雪野五月宮沢有紀寧：榎本温子【主题歌】OP：時を刻む唄（曲：麻枝准・折戸伸治、ボーカル：Lia）ED：TORCH（曲：折戸伸治、ボーカル：Lia）

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

　　花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。　　一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。