动画第2季《Fatekaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fatekaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！

上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

　　在一次对治某村庄食尸鬼的超自然事件时，平凡女警女警西洛斯·维多利亚遭到袭击，奄奄一息，关键时刻吸血鬼杀手阿尔卡特出现，铲除食尸鬼，并将西洛斯变成了吸血鬼的一员，她顺理成章也接触到了阿尔卡特背后的神秘组织，即为维护英国基督新教、与反基督怪物作战的皇家国教骑士团（Hellsing），在现任当家伊塔古拉·方布鲁克·维英格茨·赫尔辛的率领下，他们接手一桩桩危险且阴谋重重的任务。在这一过程中，与食尸鬼有关的事件层出不穷，死后背后有另一个神秘组织正在策划惊天阴谋。梵蒂冈特务局第十三课Iscariot机关局长安利哥•马克斯威尔、安德鲁森神父等重要人物相继现身，为了保护英国本土和基督新教，第九次十字军成立，而他们的对手则是纳粹余孽少校所率领的1000头食尸鬼组建的千禧年大军。　　伦敦上空阴云密布，前所未有的正邪之战拉开序幕……