一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。　　他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……

在一个魔法消失后的时代，公主阿莱蒂（桑岛法子 配音）独自居住在高高的城堡塔楼里，等待来迎娶她的骑士。而国王为了从众多人选中选出驸马，提出只要谁能将魔法师的宝贝带回来，谁就可以取公主做新娘。时光荏苒，公主每天以书本来消磨时间。一晚，一位勇士偷偷溜进了公主的闺房，向公主示爱 ，可被公主回绝了。打发走了拜访者，一个小魔女从暗道里走了出来，告诉公主魔法失效的根源，自己也丧失了法力，再也无法变回原样。第二天清晨，一个拥有法力的魔法师（小山刚志 配音）乘坐着飞艇造访城堡，迎娶公主。魔法师用自己的魔法威逼国王交出公主。其实，昨晚公主在与小魔女的交谈中已经醒悟了，意识到不能再消极地等待下去了，应该主动追求自己想要的生活。收拾了行囊，趁夜色溜出了城堡……

　　长相可爱个性爽朗的狮堂光（椎名碧流 配音）、心思细腻温柔高贵的大小姐龙崎海（吉田古奈美 配音）、智勇双全成熟稳重的凤凰寺风（笠原弘子 配音），命运让这三名个性迥异的女孩相遇了，她们被选中成为了魔法骑士，前往濒临崩溃的锡菲罗，拯救那里的居民于水火之中。　　支撑着锡菲罗的支柱是名叫艾美诺（绪方惠美 配音）的公主，她为了这个城市而生，为了这个城市而活，通过虔诚的祈祷，艾美诺保佑着锡菲罗。然而，艾美诺却爱上了她的神官谢加图（小杉十郎太 配音），因此而无法集中精神祈祷，锡菲罗因此而遇到了前所未有的危机，解决危机的方法只有一个，那就是杀掉艾美诺。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！